Hinter BayStartUP stehen als Gesellschafter zwei Fördervereine mit Mitgliedern aus der bayerischen Wirtschaft und aus der Gründerszene:
- Förderverein Innovatives Unternehmertum Nordbayern e.V.
- Förderverein Innovatives Unternehmertum Südbayern e.V.
Gemeinsames Ziel ist es, die Gründung und das Wachstum von bayerischen Unternehmen zu fördern. Die Gesellschafterstruktur von BayStartUP mit Fördervereinen als Gesellschafter wurde ganz bewusst gewählt, um möglichst viele Partner in der Eigentümerstruktur einzubinden.